Hi,
ich kann dir nicht alles beantworten, da ich insbesondere nicht weiß, wie Nextcloud seine Daten verwaltet.
Seafile speichert die Dateien nicht in ihrer Urform, sondern aufgeteilt in kleine Blöcke. Im Verzeichnis seafile-data/storage findest du die Unterordner blocks, commits, fs,
unter blocks befinden sich dann die Dateien, unter commits Informationen zu den einzelnen commits, was unter fs abgelegt ist, weiß ich nicht…
Gespeichert werden die Blöcke auch nicht alle in einem Ordner, sondern in den jeweiligen Bibliotheksverzeichnissen. Diese sind durch die hex-ID der Bibliothek eindeutig gekennzeichnet - also eine lange “Zahlenfolge” aus 0-9 und a-f.
Die Blockstruktur ist insofern hilfreich, dass man jede Datei nicht komplett hoch- und runterlädt, sondern stückweise. Außerdem funktioniert es so, dass - wenn sich nicht viel in der Datei ändert (insbesondere natürlich bei Textdateien, nicht bei Binärdateien), dann auch nur wenig Daten verschickt werden müssen und nicht die komplette Datei ersetzt wird.
Ich würde also stark bezweifeln, dass du die Dateien von Nextcloud einfach “kopieren” kannst.
Wenn die Daten in Reinform vom Server aus zugänglich sind, könntest du aber eventuell den Seafile-Client auf dem Server installieren, um sie nur “intern” kopieren zu müssen. Ob das allerdings wirklich schneller geht, kann ich dir nicht sagen, ist nämlich auf dem Server (ohne grafische Oberfläche) natürlich auch nicht unbedingt trivial.
Der Weg zu Fuß wäre also, die Daten (die du auf deinem Rechner ja auch hast, oder nicht?) nochmal auf Seafile hochzuladen.
Ich hoffe, das halbwegs verständlich dargestellt zu haben (und auch keine Fehler eingebaut zu haben…). Falls du des Englischen mächtig bist, könnte es dir sonst auch helfen, die Frage oder weitere, konkretere Fragen (nochmal) auf Englisch zu stellen, da gibt’s evtl. mehr Reaktionen im Forum. 
Viele Grüße und viel Erfolg weiterhin!
