Wirklich auskennen mit systemd tue ich mich nicht, aber im Forum gab es schonmal einen Thread:
Was ja irgendwie auch auf das hinweist, was du schon von Anfang an vermutet hast. Eine Idee, das wirklich zu bestätigen, wäre, den Link mal auf ein lokales Verzeichnis (das seafile:seafile gehört) zu setzen und zu schauen, ob das Seahub-Script dann geht. Dann wüsstest du ja sicher, dass es am Ordner liegt, wenn das die einzige Änderung ist.
Ich muss aber auch sagen, dass ich nicht genau verstehe, wie dein Setup aussieht. Was meinst du mit
Was ist/soll unter seafile/ sein? (Insbesondere, warum gehört es niemandem?)
Außerdem schreibst du, dass du per touch eine Datei erstellen kannst, die du in allen 3 Umgebungen siehst und auch löschen kannst. Nur, um das auch auszuschließen: (Auch) als user seafile?