Unabhängig davon wo der Fehler jetzt genau ist. Beim upgrade Prozess werden die Dateien an sich nicht geändert und sind damit definitiv noch einwandfrei vorhanden. Da es sich so anhört als wäre das nicht passiert: Bei zukünftigen Upgrades zur Sicherheit nach dem Stoppen von Seafile zuerst ein Backup der Datenbank anlegen. Damit kann in jedem Fall durch das Zurückspielen des Backups und einmal minor_upgrade.sh im Ordner der alten Version ausführen diese wieder aktiviert werden.
Nun zur Problembehebung:
Wenn du in den Seafile Ordner auf den Server gehst sollte es einen logs Ordner geben. Dort mal gucken was im seahub_django_request.log steht.
Ansonsten wäre mein erster Tipp den Cache mal zu leeren. Wird memcached verwendet geht das indem der memcached Service neugestartet wird, ansonsten wie unter https://manual.seafile.com/faq/upgrade.html beschrieben.