Klar geht das. Du synchronisierst einfach die entsprechenden Ordner bzw. den ganzen Benutzerprofilordner mit dem Sync Client auf den Seafile Server.
Aber auf ein Ding musst Du aufpassen: Im Benutzerprofilordner liegen auch häufig Ordner, die mit anderen Diensten synchronisiert werden. Ich denke da an Dropbox und OneDrive. Grundsätzlich gilt: Ordner sollten nicht mit zwei unterschiedlichen Sync-Tools gleichzeitig synchronisiert werden. Das resultiert gerne mal in massiven Konflikten. Die Opfer werden sein Deine Festplatte und Deine Datenintegrität.